1、版本更新的問題每次申報外貿(mào)企業(yè)出口退稅時，要登錄“中國出口退稅咨詢網(wǎng)”確認(rèn)當(dāng)月申報的外貿(mào)企業(yè)出口退稅申報系統(tǒng)是否為最新的系統(tǒng)，且出口退稅的商品代碼庫是否為最新的退稅率庫，否則免退稅數(shù)據(jù)自檢時不會通過。
2、函調(diào)的問題
（1）成立未超過一年的外貿(mào)企業(yè)，無企業(yè)信用評級，每月申報出口退稅款時，每個批次的退稅金額不能超過10萬元，不然會被函調(diào)。
（2）成立超過一年的外貿(mào)出口企業(yè)，稅務(wù)系統(tǒng)的企業(yè)信用評級會自動進行相應(yīng)的調(diào)整，企業(yè)信用評級為c類以上的企業(yè)（含c類），就不會受到每月每個批次申報退稅金額不超過10萬元的限制，你想退多少都可以了，也不擔(dān)心被函調(diào)的風(fēng)險。企業(yè)信用評級的等級可進入稅務(wù)局系統(tǒng)查看。
（3）進項發(fā)票的開票時間不能夠超過報關(guān)出口日期后的90天，否則存在被函調(diào)的風(fēng)險。
3、換匯成本高低的問題 申報退稅過程中，若出現(xiàn)換匯成本太低，無需提供資料去稅務(wù)局；若出現(xiàn)換匯成本太高，則需要提供以下紙質(zhì)證明資料到稅務(wù)局，人工審核過后方可申請退稅。
（1）外貿(mào)企業(yè)出口退稅匯總申報表
（2）出口明細申報表
（3）進貨明細申報表
（4）出口企業(yè)情況說明表
（5）換匯成本太高的那張報關(guān)單的復(fù)印件以及對應(yīng)的進項發(fā)票的復(fù)印件
（6）公司的聲明，換匯成本過高的解釋報告。
4、退稅的時間問題
（1）當(dāng)月認(rèn)證的進項發(fā)票，稅務(wù)系統(tǒng)中發(fā)票信息的進貨憑證號能夠查到該進項發(fā)票信息時，即可申請退稅手續(xù)。若輸入進貨憑證號，未跳出任何信息，說明進項發(fā)票信息還未傳遞到稅務(wù)局系統(tǒng)，無法進行退稅手續(xù)。
（2）當(dāng)年度出口貨物的進項發(fā)票需在次年4月30日前的各增值稅納稅申報期內(nèi)收齊，逾期將無法申請退稅，一定切記！